Byggandet av Stocksunds trädgårdsstad inleddes i början av 1900-talet. I stadsplanen fanns det så kallade Kyrkberget, där en kyrka eller församlingshus kunde byggas.

Kopia av Danderyds kyrka
Uppdraget gick till Lars Israel Wahlman som var professor vid Kungliga Tekniska Högskolan i Stockholm och stocksundsbo. Han var en av de ledande kyrkobyggnadsarkitekterna och har bland annat ritat Engelbrektskyrkan i Stockholm (1910-14) och Svenska kyrkan i Oslo (1925). L I Wahlman hade ansvarat för den omfattande renoveringen av Danderyds kyrka 1915. Sannolikt var det då han fick sin idé att Petruskyrkan skulle byggas som en mindre kopia av Danderyds kyrka. Kyrkostämman i oktober 1921 röstade dock nej till att bygga en kyrka och projektet lades på is.

Nya behov och önskemål
På 1950-talet fanns nya förutsättningar och önskemål. Församlingen hade behov av både en kyrka och församlingslokaler för söndagsskola, konfirmation och syföreningsmöten med mera. Man vände sig till arkitekterna Peter Celsing och Jan Wahlman, son till Lars Israel Wahlman. Jan Wahlman gjorde ett förslag som helt skilde sig från faderns. Förslaget föll i god jord och den 24 maj 1960 beslutade kyrkofullmäktige att Petruskyrkan skulle byggas.

Kyrkan på klippan
Kyrkobygget påbörjades hösten 1961 och första söndagen i advent 1962 invigdes Petruskyrkan – kyrkan på klippan. Kyrkan och församlingsbyggnaden var till en början skilda byggnader men i samband med en ombyggnad av församlingslokalerna 1988 byggde man samman de båda husen.